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Seminario: "El Aprendizaje de Máquina en la predicción de las propiedades y el diseño de nuevos materiales: la importancia de la tríada de física, química y computación"

Presenta: Dr. Roberto Bernal Jaquez

Fecha: 04 de octubre 2021, 15:00 hrs.
Transmisión: Vía YouTube

El desarrollo de nuevos materiales y la predicción de sus propiedades fue, hasta hace pocos años, un proceso de prueba y error complicado, donde quedo claramente establecido que la fórmula estequiométrica molecular no es el único factor que determina las propiedades de una molécula, sino que, la estructura molecular juega también, un rol muy importante.

En los últimos años, se cuenta con bases de datos gigantescas, como la denominada GDB-17 que contiene los datos de más de mil millones de moléculas, que junto con los modelos basados en el Aprendizaje Automático nos permiten analizar la relación estructura-propiedad de millones de moléculas y de esta forma predecir las propiedades de una cantidad enorme de materiales.

En este seminario presentaremos, de manera breve, algunos de los principales conceptos y modelos de Aprendizaje Automático que se aplican en la predicción de las propiedades fisicoquímicas de moléculas y en el diseño de nuevos materiales tomando como ejemplo las investigaciones que hemos realizado en la UAM Cuajimalpa donde, usando las bases de datos existentes, como la denominada QM9 que contiene los datos de aproximadamente 133 mil moléculas (que a su vez es un subconjunto de la base GDB-17) se han logrado predecir propiedades de diversos materiales usando redes neuronales, técnicas heurísticas y de gradiente que arrojan resultados que se comparan por su precisión con los que arrojan otros métodos.

Dr. Roberto Bernal Jaquez

El Dr. Roberto Bernal Jaquez es Físico por la Universidad Nacional Autónoma de México y recibió el Doctorado en Ciencias (Física) en la Universidad Autónoma del Estado de Morelos realizando su tesis doctoral en el Instituto de Ciencias Nucleares de la UNAM bajo la dirección del Dr. Renato Lemus. El Dr. Bernal colaboró como investigador posdoctoral en el grupo de Química Teórica de la Universidad de Turín bajo la dirección del Dr. Roberto Dovesi durante más de un año. El Doctor Bernal Jaquez ha estado involucrado con el desarrollo de software desde que era estudiante de licenciatura y participó en varios proyectos de desarrollo a nivel industrial así como de software científico. Hizo también estudios de Maestría en Ciencias de la computación en la Fundación Arturo Rosenblueth.

El doctor Bernal ha impartido docencia en la Universidad Autónoma del Estado de Morelos, la Facultad de Ingeniería de la UNAM donde tuvo cátedra de Electromagnetismo y fue profesor en lo que fueron -ahora son divisiones- las Facultades de Química e Ingeniería Civil de la Universidades de Guanajuato. Actualmente se desempeña como profesor en la Universidad Autónoma Metropolitana unidad Cuajimalpa donde fue Jefe del Departamento de Matemáticas Aplicadas y Sistemas en el periódo 2011-2015. Actualmente, es profesor Titular C por tiempo indefinido. Hasta la fecha a dirigido tesis de Doctorado, Maestría y 12 proyectos terminales. Actualmente se encuentra dirigiendo Tesis de maestría, Doctorado y varios proyectos terminales de las Licenciaturas de Computación así como de Matemáticas Aplicadas. En la UAM ha impartido más de 120 cursos desde 2009 y ha participado en la adecuación de los planes de estudio de la Licenciatura en Computación.

La investigación del Dr. Bernal se ha centrado en diversas áreas de la Física-matemática, la Físicoquímica Teórica, las Matemáticas Aplicadas y la Computación donde últimamente ha emprendido el estudio de propiedades moleculares usando Aprendizaje de máquina. Actualmente tiene publicados 25 trabajo en revistas indizadas internacionales y 2 capítulos de libros.

El Dr. Bernal pertenece al Sistema Nacional de Investigadores nivel 1 desde 2010 y ha sido distinguido como profesor con perfil deseable desde 2011 hasta la fecha.

Seminario: "Plásticos y microplásticos: un enfoque integral"

Presenta: Dra. María de los Dolores Reyes Duarte

Fecha: Septiembre 20 2021, 15:00 hrs.
Transmisión: Vía YouTube

El uso desmedido de plásticos durante mucho tiempo, actualmente presenta un grave problema ambiental y un reto económico. Varias estrategias buscan desarrollar alternativas dentro de la economía circular. La biotecnología como una alternativa de proceso, nos ha brindado herramientas para disminuir la presencia de microplásticos y plásticos a través del uso de enzimas o el desarrollo de materiales alternativos biodegradables. En este seminario se presentará un proyecto colaborativo para aportar soluciones en este tema.

Dra. María de los Dolores Reyes Duarte

La Dra. Ma. de los Dolores Reyes Duarte es ingeniera bioquímica del Instituto Tecnológico de Veracruz y doctora en Ciencias Bioquímicas por el Instituto de Biotecnología de la UNAM. Realizó un posdoctorado en el Departamento de Biocatálisis del Instituto de Catálisis y Petroleoquímica, Consejo Superior de Investigación Científica. Madrid, España. Actualmente es profesora-Investigadora Titular C por tiempo indeterminado en el Laboratorio de Biotecnología (grupo de Biocatálisis) del Departamento de Procesos y Tecnología de la División de Ciencias Naturales e Ingeniería de la Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Cuajimalpa (UAM-C). Sus trabajos se han enfocado a la aplicación de enzimas para el desarrollo de productos con beneficios en la alimentación, y medio ambiente, como la elaboración de nutracéuticos, surfactantes, y compuestos alternativos de materiales plásticos.

Su Línea de investigación son la Biocatálisis aplicada en áreas particulares como: Obtención y caracterización de enzimas, el desarrollo de procesos enzimáticos en medio orgánico para la síntesis de ésteres de derivados de productos naturales como alcaloides, azúcares y antioxidantes y el desarrollo de procesos biocatalíticos para la producción de compuestos de interés alimentario, ambiental y farmacéutico.

Seminario: "Redes de expresión genética para nuevos enfoques en el tratamiento del cáncer de mama"

Presenta: Dra. Elena Aréchaga Ocampo

Fecha: Agosto 23 2021, 15:00 hrs.
Transmisión: Vía YouTube

Nuestro trabajo pretende identificar redes de expresión genética que condicionen a las células tumorales a evadir los efectos de las terapias convencionales en cáncer de mama. Hemos identificado grupos de genes que codifican para proteínas y RNAs reguladores haciendo uso de tecnologías de análisis masivo de expresión de genes para llegar a interpretaciones biológicamente significativas. Utilizando modelos biológicos in vitro de condiciones de resistencia terapéuticas de interés se han logrado definir rutas bioquímicas y redes de genes que interactúan, y que se sabe que realizan ciertas funciones biológicas en las células sometidas a tratamientos radiológicos o farmacológicos. Estos resultados evaluados en tumores de pacientes con cáncer de mama tratados con terapias convencionales nos permiten crear hipótesis sobre la función de genes que pueden resultar clave en la respuesta a los tratamientos antineoplásicos y proponer posibles biomarcadores o moléculas terapéuticas.

Dra. Elena Aréchaga Ocampo

Bióloga egresada de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos.

Tiene Maestría y Doctorado en Biomedicina Molecular por el CINVESTAV.

Del año 2008 al 2014 fue Investigadora Asociada en el Instituto Nacional de Cancerología trabajando en investigación clínica enfocada a la respuesta a tratamientos antineoplásicos en cáncer de pulmón.

Actualmente es Profesora-Investigadora Titular “C” del Departamento de Ciencias Naturales de la UAM-Unidad Cuajimalpa. Imparte los cursos de Introducción a la Biología Molecular, Técnicas de Biología Molecular I, II, III y Biología Celular y temas selectos. En el Posgrado en Ciencias Naturales e Ingeniería (PCNI) imparte las UEA de Biología Molecular y Temas Selectos.

Ha formado: 3 alumnos de Licenciatura 7 alumnos de Maestría 2 alumnos de Doctorado

Ha publicado: 25 artículos originales indezados 4 artículos de revisión indezados 8 capítulos de libro 3 artículos de divulgación 2 manuales de laboratorio y la edición de 1 libro especializado

Ha participado en congresos nacionales e internacionales y en la organización del 1er Simposio Nacional en Oncogenómica y Proteómica del Cáncer.

Pertenece al Sistema Nacional de Investigadores nivel 1 (SNI 1) Es miembro del Cuerpo Académico de Fisiología Celular y Tisular de la División de Ciencias Naturales e Ingeniería (DCNI).

Su trabajo de investigación se centra en en el estudio de la función y expresión de genes y microRNAs en la respuesta terapeutica en cáncer.

Seminario: "¿Qué nos puede decir la epigenética sobre la infección por SARS-CoV-2?"

Presenta: Dr. Ernesto Soto Reyes Solís

Fecha: Agosto 09 2021, 15:00 hrs.
Transmisión: Vía YouTube

El COVID-19 es una infección causada por el SARS-CoV-2 (coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo), que ha provocado una pandemia y se ha convertido un problema de salud importante a nivel mundial. Por ello, la mayoría de los esfuerzos en la investigación se han concentrado en entender los mecanismos moleculares implicados en la infección por SARS-CoV-2 con el fin de proponer opciones terapéuticas. Ahora, uno de los campos menos explorados son los cambios en la expresión de los genes que causa la infección por este virus y que podría alterar de manera transitoria o a largo plazo de cómo se expresan nuestros genes. Uno de los principales mecanismos responsables de afectar la expresión de los genes está relacionados con un área de la ciencia que está en crecimiento conocida como la epigenética. Este concepto se enfoca en una serie de genes producen proteínas que tienen la capacidad de afectar las decisiones de la expresión de los genes, y que está íntimamente ligado como una respuesta al ambiente. Por ello, el objetivo principal de nuestro trabajo fue tratar de entender desde una perspectiva molecular el cómo las células del huésped alteran la expresión de sus genes y en particular de aquellos con función epigenética posterior a una infección viral. Para el desarrollo de este trabajo se analizaron la expresión de los genes, empleando abordajes bioinformáticos, tanto de células infectadas con los coronavirus MERS-CoV, SARS-CoV, SARS-CoV-2 y de muestras de pacientes con COVID-19 confirmado. De manera sorprendente, identificamos a más de 60 proteínas con función epigenética que se encuentran alteradas durante la infección por SARS-CoV-2. Esto nos permitió a su vez proponer terapias epigenéticas que pudieran tener un potencial terapéutico, que pudieran ser benéficos en el tratamiento de pacientes infectados por SARS-CoV-2.

Dr. Ernesto Soto Reyes Solís

El Dr. Ernesto Soto Reyes Solís es Doctor en Ciencias del posgrado en Ciencias Biomédicas por parte de la Universidad Nacional Autónoma de México (2010), y Licenciado en Biología por la UNAM (2002). En 2010, se incorporó como Investigador en Ciencias Médicas “D” en el Instituto Nacional de Cancerología y desde el 2018 es profesor titular “C” de tiempo completo de la UAM-Cuajimalpa, en el Departamento de Ciencias Naturales. En esta institución, actualmente es el presidente de la comisión dictaminadora Divisional de Ciencias Naturales e Ingeniería; también desde el 2018 es miembro del Cuerpo Académico de Fisiología Celular y Tisular.

Desde el 2012 el Dr. Soto Reyes es miembro del Sistema Nacional de Investigadores nivel 1, y es evaluador acreditado de PRODEP y CONACyT y cuenta con el perfil PRODEP. A su vez, es tutor acreditado tanto de maestría y doctorado en los posgrados en Ciencias Biológicas, Ciencias Bioquímicas y Ciencias Biomédicas de la UNAM. El Dr. Soto Reyes ha sido y es director de 2 trabajos de servicio social y 4 proyectos terminales de licenciatura y de 4 tesis de licenciatura, 1 especialidad en ciencias médicas, 7 de maestría y 3 de doctorado. Tiene publicados 4 capítulos en diversos libros científicos nacionales e internacionales y 34 publicaciones indexadas en JCR donde ha funjido tanto de primer autor como autor corresponsal. Además ha presentado su trabajo en 34 eventos especializados a nivel nacional y 16 a nivel internacional, y ha sido responsable de 4 proyectos de investigación patrocinados por CONACyT dentro del área de la epigenética y enfermedades como el cáncer y el SARS-CoV-2. Sus líneas de investigación están relacionadas con el estudio de los procesos epigenéticos implicados en enfermedades, particularmente en el cáncer. En ella se estudian los diferentes procesos moleculares como los perfiles de metilación del DNA y de las modificaciones post-traduccionales de las histonas y los RNA no codificantes de genes supresores de tumores en un modelo de cáncer.