Área de interés/experiencia en investigación

• Matemáticas Aplicadas en Ingeniería de Bioprocesos y Sistemas Biológicos
• Modelado matemático de redes metabólicas.
• Ingeniería Metabólica. Biología de Sistemas. Biología Sintética.
• Análisis de datos de transcriptómica, proteómica y fluxómica.
• Biotencología industrial

Publicaciones en Revistas

1. Jaén, K. E., Sigala, J. C., Olivares-Hernández, R., Niehaus, K., & Lara, A. R. (2017). “Heterogeneous oxygen availability affects the titer and topology but not the fidelity of plasmid DNA produced by Escherichia coli”. BMC biotechnology, 17(1), 60.
2. Cecilio Valadez-Cano, Roberto Olivares-Hernández, Osbaldo Resendis-Antonio, Alexander DeLuna, Luis Delaye. “Positive selection drove metabolic integration of the chromatophore in Paulinella chromatophora”. BMC evolutionary biology, 17(1), 99.
3. Vigueras, G., Paredes‐Hernández, D., Revah, S., Valenzuela, J., Olivares‐Hernández, R., & Le Borgne, S. (2017). “Growth and enzymatic activity of Leucoagaricus gongylophorus, a mutualistic fungus isolated from the leaf‐cutting ant Atta mexicana, on cellulose and lignocellulosic biomass”. Letters in Applied Microbiology.
4. Pablos, T. E., Olivares, R., Sigala, J. C., Ramírez, O. T., & Lara, A. R. (2016). “Toward efficient microaerobic processes using engineered Escherichia coli W3110 strains”. Engineering in Life Sciences, 16(7), 588-597.
5. Olivares-Hernández R., Bordel S. and Nielsen J., (2011), “Codon usage variability in the correlation between proteome and transcriptome fold changes”. BMC Systems Biology,5(1)
6. Olivares-Hernández R., Usaite R. and Nielsen J., (2010), “Integrative analysis using proteome and transcriptome data from yeast to unravel regulatory patterns at posttranscriptional level”. Biotechnology and Bioengineering, 107: 865–875.
7. Marija Cvijovic, Roberto Olivares-Hernández, Rasmus Ågren, Wanwipa Vongsangnak, Intawat Nookaew, Niklas Dahr, Jens Nielsen, (2010), “BioMet Toolbox: Toolbox for systematic analysis of metabolism”. Nucleic Acid Research,38:W144-149.
8. José Manuel Otero, Wanwipa Vongsangak, A. Asadollahi Mohammad, Roberto Olivares-Hernandez, Jérôme Maury, Laurent Farinelli, Loic Barlocher, Michel Schalk, Anthony Clark, Jens Nielsen, (2010), “Whole genome sequencing of Saccharomyces cerevisiae: from genotype to phenotype for improved metabolic engineering applications” BMC Genomics, 11:723.
9.  R. Olivares-Hernández, Z. Yang, I. Kouskoumvekaki, H. Sunner, J. Frisvad, J. Nielsen, L. Olsson, and G. Panagiotou,(2010) “Combining Substrate Specificity Analysis with Support Vector Classifiers Reveals Feruloyl Esterase as a Phylogenetically Informative Protein Group”. PLoS one Evolutionary Biology, 5(9): e12781.
10. S.Meijer, J.Otero, R.Olivares, M.R. Andersen, L.Olsson, J.Nielsen, (2009) “Overexpression of isocitrate lyase—glyoxylate bypass influence on metabolism in Aspergillus niger”, Metabolic Engineering, 11:107-116.
11. Debra Rossouw, Roberto Olivares-Hernández, Jens Nielsen, Florian F Bauer, (2009), “A comparative ‘omics’ approach to model changes in wine yeast metabolism during fermentation”. Applied and Environmental Microbiology,75(20):6600-6612.

Memorias de Congreso

• Autores: Roberto Olivares-Hernandez, Javier Valencia López, Mauricio Sales Cruz, Teresa Lopez-Arenas.Metodologías de modelado y simulación en Ingeniería de Bioprocesos. Memorias XXXVI Congreso Nacional de la Academia Mexicana de Investigación y Docencia en Ingeniería Química (AMIDIQ).ISBN: 978-607-95593-4-2. Volumen: 1.Páginas: EDU-132 -137.Año: 2016

• Autores: José Mar Pérez Fuentes, María Teresa López Arenas, Roberto Olivares Hernández. Ingeniería metabólica in silico aplicada al diseño de un proceso para la producción de PHB. Memorias del Congreso Internacional de Investigación de Academia Journals.Com 2015. ISBN: 1946-5351.Volumen: 7, Número: 4.Páginas: 4440-4444.Año: 2015

• Autores: Moises Gonzalez-Contreras, Roberto Olivares-Hernandez, Teresa Lopez-Arena. Simulación del proceso de producción de polihidroxibutirato (phb) a partir de sacarosa y Azohydromonas lata. Memorias XXXVI Congreso Nacional de la Academia Mexicana de Investigación y Docencia en Ingeniería Química (AMIDIQ) ISBN: 978-607-95593-3-5.Volumen: 1 Páginas: 3369-3374

• Biotechnology Summit 2014. Poster 1: “Genome annotation and reconstruction of the metabolic model of the fungus Leucoagaricus gongylophorus”. Poster 2: “Pharmacokinetics of IgY in rabbits”. Octubre 8-10, 2014. Huatulco, México.
• XV Congreso Nacional de Biotecnología y Bioingeniería. Poster: “Integrative dynamic analysis of tryptophan production in Escherichia coli”. Junio 23-28, 2013. Cancún, México.
• 9th Swedish Bioinformatics Workshop,2009. Poster:  “Posttranscriptional regulation in yeast; a sequence analysis approach” . Roberto Olivares and Jens Nielsen. Umeå, Sweden
• 27th International Specialized Symposium on Yeasts,2009. Poster: “Comparing protein and mRNA expression level on a genome scale: posttranscriptional regulation in yeast Saccharomyces cerevisiae”. Roberto Olivares, Renata Usaite and Jens Nielsen. Paris, France
• International Conference in Yeast Systems Biology 2008. Poster:  “Understanding translation regulation in yeast using correlations between mRNA levels and protein levels” . Roberto Olivares, Renata Usaite and Jens Nielsen. Göteborg, Suecia
• Computational Cell Biology Meeting, 2008. Poster: “Comparing protein and mRNA expression level on a genome scale: posttranscriptional regulation in yeast Saccharomyces cerevisiae”. Roberto Olivares, Renata Usaite and Jens Nielsen.Hinxton, United Kingdom
• International Conference in Yeast Systems Biology, 2007.Poster: “Comparing protein and mRNA expression level on a genome scale: posttranscriptional regulation in yeast Saccharomyces cerevisiae” Roberto Olivares, Renata Usaite, Kiran Patil and Jens Nielsen. Long beach, California
• ISSY25, Systems Biology of Yeast-From Models to Applications, 2006.Poster: “Incorporating Protein Biosynthesis into the Saccharomyces cerevisiae Genome-scale Metabolic Model”,  Roberto Olivares, Michael C. Jewett, Jens Nielsen
• Presentación Oral: “Incorporating Protein Biosynthesis into the Saccharomyces cerevisiae Genome-scale Metabolic Model”,  Roberto Olivares, Michael C. Jewett, Jens Nielsen. Helsinki,Finlandia
• Danish Conference in Molecular Biology and Biotechnology, 2006. Poster: “Incorporating Protein Biosynthesis into the Saccharomyces cerevisiae Genome-scale Metabolic Model”,  Roberto Olivares, Michael C. Jewett, Jens Nielsen. Vejle, Dinamarca
• IX Congreso de la division de Dinamica de Fluidos de la Sociedad Mexicana de Fisica,2003. Poster: “Transferencia de calor entre un fluido y un medio poroso”. Instituto Mexicano del Petróleo, Ciudad de México, México.
• XXIV Encuentro Nacional de La Academia Mexicana de Investigación y Docencia en Ingeniería Química AMIDIQ,2003. Exposición Oral: “Transporte de calor y masa entre un fluido y un medio poroso”. Ixtapa, Guerrero, México.