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Por un mejor mañana, un excelente día!

Dr. Salomón de Jesús Alas GuardadoDEPARTAMENTO DE CIENCIAS NATURALES

Resumen Curricular

Escolaridad

  • Ingeniero Químico Industrial: Escuela Superior de Ingeniería Química e Industrias Extractivas (ESIQIE) – Instituto Politécnico Nacional 2001.
  • Doctorado en Ciencias (Química): UAM-Iztapalapa 2006.
  • SNI: Investigador Nacional Nivel II
  • PRODEP: Perfil Deseable
  • Profesor Titular C

Distinciones

  • Renovación: Sistema Nacional de Investigadores: Nivel 2. Periodo: 01/enero/2023 – 31/diciembre/2027.
  • Renovación a Reconocimiento a Perfil Deseable. PRODEP – SEP. Periodo: 01/septiembre/2022 – 31/agosto/2025.
  • Renovación a Reconocimiento a Perfil Deseable. PRODEP – SEP. Periodo: 14/agosto/2019 – 13/agosto/2022.
  • Renovación: Sistema Nacional de Investigadores: Nivel 1. Periodo: 01/enero/2019 – 31/diciembre/2022.
  • Renovación: Reconocimiento a Perfil Deseable. PRODEP – SEP. Periodo: 17/junio/2016 – 18/junio/2019.
  • Renovación: Sistema Nacional de Investigadores: Nivel 1. Periodo: 01/enero/2015 – 31/diciembre/2018.
  • Renovación: Reconocimiento a Perfil Deseable. PROMEP – SEP. Periodo: 23/julio/2013 – 22/julio/2016.
  • Renovación: Sistema Nacional de Investigadores: Nivel 1. Periodo: 01/enero/2011 – 31/diciembre/2014.
  • Reconocimiento a Perfil Deseable. PROMEP – SEP. Periodo: 20/junio/2011 – 22/julio/2013.
  • Miembro del Editorial Advisory Board de la revista The Open Catalysis Journal. A partir de 2010.
  • Nombramiento: Sistema Nacional de Investigadores (SNI): Nivel 1. Periodo: 01/enero/2008 – 31/diciembre/2010.
  • Miembro del Registro CONACYT de Evaluadores Acreditados (RCEA), en el Área II – Biología y Química. Número de registro RCEA-02-15310-2008.
  • Medalla al Mérito Universitario. Posgrado en Ciencias (Química). Universidad Autónoma Metropolitana – Iztapalapa. Trimestre 06-O.

Estancias Postdoctorales

  1. UNAM, Facultad de Química, Departamento de Física y Química Teórica. Beca CONACYT. Periodo: ene-dic/2007.
  2. UNAM, Facultad de Química, Departamento de Física y Química Teórica. Beca de DGAPA -UNAM. Periodo: feb/2008-ene/2009.
  3. UAM – Cuajimalpa, División de Ciencias Naturales e Ingeniería, Departamento de Ciencias Naturales. Beca CONACYT 2008. Periodo: feb-dic/2009.

Docencia

  1. Profesor Titular C, Departamento de Ciencias Naturales, UAM – Cuajimalpa, Periodo: ene/2013-actualidad.
  2. Profesor Visitante de Tiempo Completo, Departamento de Ciencias Naturales, UAM – Cuajimalpa, Periodo: ene/2010-dic/2012.
  3. Profesor Asociado de Tiempo Parcial, Departamento de Química, UAM-Iztapalapa. Periodo: ene/2007-dic/2009.
  4. Ayudante de Posgrado A, Departamento de Química, UAM-Iztapalapa. Periodo: oct/2002-oct/2005.

Área de interés/experiencia en investigación

  • Catálisis heterogénea: estudio de reacciones moleculares y mecanismos de reacción sobre superficies.
  • Estudio de fenómenos no lineales: series temporales (oscilaciones), series espaciales (patrones), percolación, geometría fractal, procesos de difusión, caos, etc.
  • Estudio y análisis acerca de los fenómenos de plegamiento y estabilidad de proteínas.
  • Estudio y análisis de fenómenos relacionados con polidispersidad.
  • Uso de técnicas de simulación: Monte Carlo, Monte Carlo dinámico, Dinámica Molecular, Dinámica de Partículas Disipativas, etc. para estudiar los fenómenos antes descritos.
  • Desarrollo de algoritmos computacionales para el estudio de los fenómenos antes descritos.

Publicaciones en Revistas

Publicaciones especializadas

  1. J. D. Hernández Velázquez, S. J. Alas, E. Pérez, A. Gama Goicochea. Universal scaling of the osmotic pressure for dense, quasi-two- dimensionally confined polymer melts reveals transitions between fractal dimensions. J. Chem. Phys. Aceptado, feb 2024.
  2. Edgar López-Pérez, Marietta Tuena de Gómez-Puyou, Concepción José Nuñez, Denise Martínez Zapién, Salomón Alas Guardado, Hiram Isaac Beltrán, Gerardo Pérez-Hernández. Ordered-domain unfolding of thermophilic isolated β subunit ATP synthase. Prot. Sci. 32 (7), e4689 (2023). DOI: 10.1002/pro.4689
  3. Ana K. Gómez-Flores, Edgar López-Pérez, Salomón J. Alas-Guardado*. Molecular Dynamics Simulations of HPr Proteins from a Thermophilic and a Mesophilic Organism: A Comparative Thermal Study. Int. J. Mol. Sci. 24 (11), 9557 (2023). DOI: 10.3390/ijms2411955
  4. Hiram Isaac Beltrán, Salomón J. Alas-Guardado,* Pedro Pablo González-Pérez. Improving coarse-grained models of protein folding through weighting of polar-polar/hydrophobic-hydrophobic interactions into crowded spaces. J. Mol. Model. 28, 87 (2022). DOI: 10.1007/s00894-022-05071-5
  5. Salomón J. Alas-Guardado, Pedro Pablo González-Pérez, Hiram Isaac Beltrán. Contributions of topological polar-polar contacts to achieve better folding stability of 2D/3D HP lattice proteins: An in silico approach. AIMS Biophysics. 8 (3), 291–306 (2021). DOI: 10.3934/biophy.2021023
  6. José Saúl Hernández-Fragoso,  Salomón de Jesús Alas,* Armando Gama Goicochea. Polymer Chains of a Large Persistence Length in a Polymer Brush
 Require a Lower Force to Be Compressed Than Chains with a Short Persistence Length. Appl. Polym. Mater. 2, 5006–5013 (2020). DOI: 10.1021/acsapm.0c00858
  7. Erick López-Chávez, Gerardo Pérez-Hernández, Felipe Aparicio, Salomón J. Alas.* On the Thermal Stability of O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase from Archaeon Pyrococcus kodakaraensis by Molecular Dynamics Simulations. J. Chem. Inf. Model.  60, 2138–2154 (2020). DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00012
  8. J. S. Hernández-Fragoso, S. J. Alas,* A. Gama Goicochea. Mechanical Response of a Surface of Increasing Hardness Covered with a Nonuniform Polymer Brush: A Numerical Simulation Model. RSC Adv. 10, 13405–13409 (2020). DOI: 10.1039/D0RA01385D
  9. Salomón de Jesús Alas,* Pedro Pablo González-Pérez, Hiram Isaac Beltrán. In silico minimalist approach to study 2D HP protein folding into an inhomogeneous space mimicking osmolyte efect: First trial in the search of foldameric backbones. BioSystems. 181, 31-43 (2019).  DOI: 10.1016/j.biosystems.2019.04.005
  10. R. Catarino Centeno, R. A. Bustamante-Rendón, J. S. Hernández-Fragoso, I. Arroyo-Ordoñez, E. Pérez, S. J. Alas, A. Gama Goicochea. Surfactant chain length and concentration influence on the interfacial tension of two immiscible model liquids: a coarse – grained approach. J. Mol. Model. 23, 306 (2017). DOI: 10.1007/s00894-017-3474-x
  11. P. P. González-Pérez, D. J. Orta, I. Peña, E. C. Flores, J. U. Ramírez, H. I. Beltrán, S. J. Alas.* A Computational Approach to Studying Protein Folding Problems Considering the Crucial Role of the Intracellular Environment. J. Comp. Biol. 24, 1-19 (2017). DOI: 10.1089/cmb.2016.0115
  12. S. J. Alas, P. P. González-Pérez. Simulating the folding of HP-sequences with a minimalist model in an inhomogeneous medium. BioSystems. 142, 52-67 (2016). DOI: dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2016.03.010
  13. S. J. Alas. Estudio del efecto de impurezas sobre el comportamiento oscilatorio y espacial en la reacción CO + NO en Pt(100) por Monte Carlo dinámico. Superficies y Vacío. 28 (3), 78-85 (2015).
  14. A. Gama Goicochea, S. J. Alas Guardado. Computer simulations of the mechanical response of brushes on the surface of cancerous epithelial cells. Sci. Rep. 5, 13218 (2015). DOI: 10.1038/srep13218
  15. David R. Hidalgo-Olguín, Rogelio O. Cruz-Vázquez, Salomón J. Alas-Guardado, Armando Domínguez-Ortiz. Lacunarity of Classical Site Percolation Spanning Clusters Built on Correlated Square Lattices. Transport Porous Med. 107 (3), 717-729 (2015). DOI: 10.1007/s11242-015-0463-3
  16. S. J. Alas. Estudio del efecto de sitios inertes en la reacción CO+O2 en Pt(100) por simulaciones de Monte Carlo dinámico. Revista Mexicana de Ingeniería Química. 13 (3), 811-821 (2014).
  17. L. Álvarez-Falcón, S. J. Alas, L. Vicente. Monte Carlo simulations of surface reactions: NO reduction by CO or H2. AIP Conference Proceedings. 1579 (1), 130-135 (2014). DOI: dx.doi.org/10.1063/1.4862427.
  18. Ommar Cruz, Ricardo Hidalgo, Salomón Alas, Salomón Cordero, Laura Meraz, Raúl Lopez, Armando Dominguez. Is the alexander-orbach conjecture suitable for diffusion in correlated percolation clusters? Adsorption Science and Technology. 29 (7), 663–676 (2011). DOI: https://doi.org/10.1260/0263-6174.29.7.663

Publicaciones de divulgación

S. J. Alas, A. Rojo, G. Merino. La paradoja de Levinthal: cuando una contradicción se vuelve lógica. Revista Educación Química. Vol. 22, pag. 51-54, enero de 2011.

Memorias de Congreso

  1. Salomón J. Alas Guardado, Ana K. Gómez Flores, Edgar López Pérez. Cálculo del DCp de las Proteínas Homólogas BstHPr y BsHPr por Dinámica Molecular. Congreso Internacional de la Sociedad Química de México 2023, pág. 181–186.
  2. Juan José de Jesús Gómez Castro, Salomón J. Alas Guardado. Estudio de la termoestabilidad del homodímero de la histona rHMfA de la arquea termófila Methanothermus fervidus por dinámica molecular. Congreso Internacional de la Sociedad Química de México 2023, pág. 187–192.
  3. Edgar López, Gerardo Pérez, Salomón J. Alas. Muestreo del espacio conformacional del péptido PP-50 por simulación computacional. Congreso Internacional de la Sociedad Química de México 2023, pág. 1078–1083.
  4. Edgar López Pérez, Gerardo Pérez Hernández, Salomón de Jesús Alas Guardado. Importancia de las interacciones electrostáticas en el loop DELSEED en un péptido proveniente de la subunidad β de la ATP sintasa. Revista Tendencias en Docencia e Investigación en Química. Diciembre 2023, pág. 655–660.
  5. Salomón J. Alas G., Annabel L. Tellez G. Estudio computacional de oscilaciones de la reacción CO + O2 en cúmulos de percolación impregnados de Pt(100). 4º Simposio Iberoamericano de Adsorción (IBA-4). Mayo 2023.
  6. Salomón J. Alas G., Annabel L. Tellez G. Estudio computacional de la dimensión fractal y lagunaridad en la reacción CO + O2 en Pt(100). 4º Simposio Iberoamericano de Adsorción (IBA-4). Pág. 497–499. Mayo 2023.
  7. S. J. Alas Guardado . Estudio del efecto de sitios inertes sobre fenómenos espacio-temporales en la oxidación de CO por O2 y NO en Pt(100) por Monte Carlo dinámico. XXV Congreso Iberoamericano de Catálisis (CICAT). Septiembre 2016.
  8. S. J. Alas, L. Vicente. Estudio de la descomposición de NO sobre Rh(111) por simulación de Monte Carlo dinámico. XXIV Congreso Iberoamericano de Catálisis (CICAT). Septiembre 2014.
  9. S. J. Alas. Estudio de sitios inertes en la reacción de oxidación de CO sobre Pt(100) por simulación de Monte Carlo dinámico. XXIV Congreso Iberoamericano de Catálisis (CICAT). Septiembre 2014.
  10. L. A. Falcón, S. J. Alas, L. Vicente. Estudio TPD y TPR por Monte Carlo dinámico de la reacción NO + H2/Pt(100). XXII Simposio Iberoamericano de Catálisis (SICAT). Pag. 1–7. Septiembre 2010.
  11. S. J. Alas, L. Vicente. Simulación por Monte Carlo Dinámico de la “explosión en superficie” de la reacción NO+CO/Pt(100). XXI Simposio Iberoamericano de Catálisis (SICAT). II-1/II-9. Junio 2008.
  12. S. J. Alas, S. Cordero, I. Kornhauser, G. Zgrablich. Estudio de oscilaciones en la reacción NO+CO sobre Pt(100), por simulación de Monte Carlo. Jornadas del Posgrado Divisional en Ciencias Básicas e Ingeniería de la UAM-Iztapalapa. Pag. 215-218, Septiembre 2004.

Capítulos en Libros

Libros

Formación de Recursos Humanos

Tesis de Doctorado (1)

M. en Q. David Ricardo Hidalgo Olguín. Caracterización de caminantes en cúmulos de percolación con lagunaridad diversa. Posgrado en Ciencias (Química), Departamento de Química, UAM Iztapalapa. Obtención de grado: 20 de octubre de 2017.

Tesis de Maestría (5)

  1. I.Q. Annabel Lee Tellez Gonzalez. Estudio fractal de la reacción de oxidación de CO en Pt(100) por Monte Carlo. Posgrado en Ciencias (Química), Departamento de Química, UAM Iztapalapa. Obtención de grado: 14 de abril de 2023.
  2. Lic. Erick López Chávez. Estudio de la estabilidad estructural de la proteína MGMT utilizando dinámica molecular. Posgrado en Ciencias Naturales e Ingeniería, DCNI, UAM Cuajimalpa. Obtención de grado: 25 de enero de 2019.
  3. Lic. José Saúl Hernández Fragoso. Estudio de los cepillos biológicos de células cancerosas por simulación computacional. Posgrado en Ciencias Naturales e Ingeniería, DCNI, UAM Cuajimalpa. Obtención de grado: 19 de diciembre de 2018. 
  4. Lic. Edgar López Pérez. Estudio de la estabilidad estructural de la subunidad ß de la ATP-sintasa por simulación computacional. Posgrado en Ciencias Naturales e Ingeniería, DCNI, UAM Cuajimalpa. Obtención de grado: 03 de septiembre de 2018.
  5. Lic. Alejandro León Ramírez. Estudio de la estabilidad estructural de la proteína ribosomal L30 utilizando dinámica molecular clásica. Posgrado en Ciencias Naturales e Ingeniería, DCNI, UAM Cuajimalpa. Obtención de grado: 03 de septiembre de 2018.

Proyectos Terminales (14)

  1. Juan José de Jesús Gómez Castro. Estudio de la estabilidad térmica del homodímero de la histona rHMfA de la arquea termófila Methanothermus fervidus por dinámica molecular. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, 11/jul/2022 – 23/jun/2023. 
  2. Aranza Citlali Martínez Zacarías. Estudio de la estabilidad térmica de la proteína histidina fosfotransportadora (BsHPr) de la bacteria mesófila Bacillus subtilis por dinámica molecular. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, 08/nov/2021 – 26/may/2022.
  3. Misael Sánchez Morales. Estudio de la estabilidad térmica de la proteína histona rHMfB de la arquea termófila Methanothermus fervidus por dinámica molecular. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, 08/nov/2021 – 26/may/2022.
  4. Melisa Sujey Anzures Mendoza. Estudio de la estabilidad térmica de la proteína CheY de la bacteria mesófila Escherichia coli por dinámica molecular. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, 08/nov/2021 – 26/may/2022.
  5. José Yari Sol Fragoso. Estudio de la estabilidad térmica de la proteína CheY de la bacteria hipertermófila Thermotoga maritima por dinámica molecular. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, 08/nov/2021 – 26/may/2022.
  6. Oliver Arturo Sotelo Serrano. Estudio de la estabilidad térmica de la proteína Tk-MGMT de la arquea termófila Thermococcus kodakaraensis por dinámica molecular. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, abr/2020 – nov/2020.
  7. Alejandro León Ramírez, Erick López Chávez, Edgar López Pérez. Estudio de la estabilidad térmica de proteínas utilizando herramientas computacionales. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, abr/2015 – jul/2016.
  8. José Saúl Hernández Fragoso. Estudio de la membrana y las microvellosidades de células cervicales por Dinámica de Partículas Disipativas. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, ene/2015 – dic/2015.
  9. Eduardo Cecilio Flores Ambrosio, Daniel de Jesús Orta Granados, Irving Peña Martínez, José Uriel Ramírez Rivera. Ingeniería inversa y experimentación en Evolution, una plataforma bioinformática para el estudio, modelado y simulación del plegamiento de proteínas. Departamentos de Ciencias Naturales y Matemáticas Aplicadas, UAM Cuajimalpa, abr/2014 – mar/2015.

Servicio Social (17)

Proyecto: Estudios teóricos y experimentales de moléculas con actividad en sistemas biológicos.

  • Juan José de Jesús Gómez Castro: 01/julio/2023 – 31/diciembre/2023
  • José Yari Sol Fragoso: 27/julio/2022 – 26/enero/2023
  • Aranza Citlali Martínez Zacarias: 01/noviembre/2021 – 30/abril/2022
  • Miguel Ángel Ponce Torres: 01/noviembre/2021 – 30/abril/2022
  • Ana Karen Flores Gómez: 01/Julio/2020 – 31/Diciembre/2020
  • Oliver Arturo Sotelo Serrano: 01/Abril/2020 – 31/Octubre/2020
  • Jesús Nestor Torres Ramírez: 15/Enero/2020 – 14/Julio/2020
  • Jorge Emiliano Salinas López: 15/Enero/2020 – 14/Julio/2020

​Proyecto: Apoyo en el estudio estructural y fisicoquímico de proteínas utilizando técnicas computacionales.

  • Jean Paul Sánchez Castañeda: 09/FEbrero/2017 – 08/Agosto/2017.
  • Erick López Chávez: 15/Diciembre/2015 – 30/Junio/2016.
  • Edgar López Pérez: 15/Diciembre/2015 – 30/Junio/2016.
  • Alejandro León Ramírez: 04/Diciembre/2015 – 17/Junio/2016.

Proyecto: Análisis, diseño e implementación de una plataforma bioinformática para el estudio del plegamiento de proteínas en espacios no homogéneos.

  • José Saúl Hernández Fragoso: 03/Agosto/2015 – 02/Febrero/2016.
  • Daniel de Jesús Orta Granados: 25/Agosto/2014 – 27/Agosto/2015.
  • José Uriel Ramírez Rivera: 21/Mayo/2014 – 09/Mayo/2015.
  • Eduardo Cecilio Flores Ambrosio: 21/Mayo/2014 – 21/Noviembre/2014.
  • Irving Peña Martínez: 21/Mayo/2014 – 21/Noviembre/2014.

Estancias Posdoctorales (1)

Dr. Claudio Fabian Narambuena. Simulación computacional de plegamiento y agregación de proteínas con modelos de grano grueso y el método de Monte Carlo. Departamento de Ciencias Naturales, UAM Cuajimalpa, feb/2011 - jul/2012.

 

 

 

Otra Información de Relevancia Académica

I. Cursos de docencia impartidos en la Licenciatura en Biología Molecular, Departamento de Ciencias Naturales

  1. Cálculo Integral (Trimestre: 22P, 21P, 20P)
  2. Taller de Matemáticas (Trimestres: 22O, 21O, 20O, 18O, 17O, 16O, 15O , 14O y 13O)
  3. Química (Trimestres: 15I, 14I, 13I y 12I)
  4. Cálculo Diferencial (Trimestres: 18P, 18I, 17I, 16I, 12P y 11I)
  5. Física General (Trimestres: 18P, 17P, 16P, 15P, 14P, 13P y 11P)
  6. Introducción a la Termodinámica (Trimestres: 22O, 21O, 20O, 13O, 12O y 11O)
  7. Cómputo Científico (Trimestres: 18O, 17O, 16O, 15O y 14O)
  8. Temas Selectos en Química (Trimestres: 21I, 20I, 17I, 16I, 15I y 14I)
  9. Proyecto Terminal I (Trimestres: 22P, 21O, 20I, 15O, 15P, 14P y 13P)
  10. Proyecto Terminal II (Trimestres: 22O, 22I, 20P, 16I, 15P, 14O y 13O)
  11. Proyecto Terminal III (Trimestres: 23I, 22P, 20I, 16P, 15O y 14I)

II. Desarrollo de paquetes computacionales 

  1. Salomón de Jesús Alas Guardado, Pedro Pablo González Pérez, Hiram Isaac Beltrán Conde. MC-Evolution. Cerificado por parte del Registro Público del Derecho de Autor: 07 de noviembre de 2019. Aceptación y aval del paquete computacional por parte del Consejo Editorial de la DCNI: 04 de enero de 2022. Aval de la Secretaría Académica de la DCNI: 13 de enero de 2022.

Entrevista en Voces Metropolitanas