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Dr. Diego Armando Esquivel HernándezDEPARTAMENTO DE PROCESOS Y TECNOLOGIA

Resumen Curricular

  • Investigador Sistema Nacional de Investigadores (SNI), Nivel I (2022)
  • Premio Carlos Casas Campillo para reconocer la labor jóvenes investigadores de biotecnología en México (2023)
  • Profesor Visitante Titular B, UAM-C (2022-Actual)
  • Investigador Postdoctoral Asociado, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Departamento de Genómica Computacional (2020-2022)
  • Investigador Postdoctoral Asociado, Instituto de Ecología (UNAM), Departamento de Ecología Evolutiva (2019-2020)
  • Investigador Postdoctoral Asociado, Instituto de Biotecnología (UNAM), Departamento de Microbiologia Molecular, Consorcio CIGOM (2018-2019)
  • Investigador Postdoctoral Asociado, Tecnológico de Monterrey, Campus Monterrey, Departamento de Bioingeniería, (2016-2017)
  • Doctorado en Biotecnología, Tecnológico de Monterrey, Campus Monterrey (2016)
  • Ingeniero en Biotecnología, Tecnológico de Monterrey, Campus Monterrey (2011)

 

Experiencia Laboral/Académica:

En 2015, fue becado por el Programa de Acciones Marie Skłodowska-Curie (Marie Curie Actions), para realizar una estancia de estudios doctorales y obtener una especialización en procesos de fermentación de levaduras y evolución adaptativa en el Departamento de Ciencias Químicas de la Universidad de Nápoles Federico II, en Nápoles Italia. Además, en 2014 realizó una estancia doctoral en la empresa Biomex (Guadalajara, México), en la cual se especializó en los cultivos de microalgas y cianobacterias a escala piloto e industrial.

Ha participado en diversos grupos de investigación como Investigador Postdoctoral Asociado, en donde ha obtenido una serie de especializaciones en temas de: bioinformática, biología de sistemas, ciencia de datos,  ecología microbiana de pacientes con diabetes tipo 2, ecología microbiana de extremófilos, procesos de biorremediación a través de biorreactores de biopelículas (MBfR), biotecnología de la fermentación con levaduras, y biorrefinerías con microalgas y cianobacterias.  

Ha participado en congresos nacionales e internacionales sobre Química Verde, Biotecnología Ambiental, Ecologia Microbiana y Biología de Sistemas. Además, es miembro de la Red Mexicana de Bioinformática, la Sociedad Mexicana de Bioquímica y Sociedad Mexicana de Biotecnología y Bioingeniería

Es autor de artículos científicos en revistas indizadas de arbitraje internacional como son: Gut Microbes, Bioinformatics, Biotechnology and Bioengineering, Scientific Reports, Bioresource Technology, Frontiers in Microbiology, Frontiers in Endocrinology, Journal of Environmental Management, y Biofuels, Bioproducts and Biorefining

Actualmente, forma parte del Cuerpo Académico de Biotecnología Celular y Tisular de la División de Ciencias Naturales e Ingeniería, UAM - Cuajimalpa.

Área de interés/experiencia en investigación

Áreas de Interés.

Desarollo de aplicaciones biotecnológicas basadas en microbiomas

Desarrollo de estrategias de medicina personalizada y microbioma intestinal

Ecología microbiana y evolución

Bioinformática 

Biología de sistemas 

Ingeniería metabólica 

 

El objetivo de nuestra investigación radica en el análisis y entendimiento de los microbiomas, como sistema de soporte de vida para toda la biosfera terrestre. En este sentido, los microbiomas son responsables de la producción de oxígeno, la circulación global de nutrientes, la productividad primaria de las plantas y la salud animal y humana.

Esta característica central de los microbiomas para el equilibrio de la vida en la tierra, se puede traducir en múltiples campos de aplicación de nuestra investigación, desde la biología humana, animal y vegetal donde analizamos las interacciones microbioma-huesped y su impacto en la salud y/o enfermedad del hospedero, hasta aplicaciones biotecnológicas de producción de biocombustibles y biorremediación donde los microbiomas representan una fuente prometedora de soluciones sostenibles.

 

Publicaciones en Revistas

Martinez-Lopez Y.E., Neri-Rosario D., Esquivel-Hernandez D.A., Padron-Manrique C., Vázquez-Jiménez A., Sanchez-Castañeda J.P., Giron-Villalobos D., Mendoza-Ortiz C., Reyes-Escogido M.L., Resendis-Antonio O., Guardado-Mendoza R. Gut microbiota in subjects with prediabetes has a low mediating effect on the hypoglycemic outcome of linagliptin/metformin and metformin. Scientific Reports (In press)

Padron-Manrique C., Vázquez-Jiménez A., Esquivel-Hernandez D.A, Martinez Lopez Y.E., Neri-Rosario D., Sánchez-Castañeda J.P., Giron-Villalobos D., Resendis-Antonio O., mb-PHENIX: Diffusion and Supervised Uniform Manifold Approximation for denoising microbiota data. Bioinformatics, Volume 39, Issue 12, December 2023, btad706 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad706

Montoya-Rosales, J.D.J., Ontiveros-Valencia, A., Esquivel-Hernández, D.A., Etchebehere, C., Celis, L.B. and Razo-Flores, E., 2023. Metatranscriptomic Analysis Reveals the Coexpression of Hydrogen-Producing and Homoacetogenesis Genes in Dark Fermentative Reactors Operated at High Substrate Loads. Environmental Science & Technology. https://doi.org/10.1021/acs.est.3c02066

Neri-Rosario D., Martínez-López Y.E., Esquivel-Hernandez D.A., Padrón-Manrique C., Girón-Villalobos, D., Sánchez-Castañeda J.P., Jimenez-Vazquez A., Resendis-Antonio O., Dysbiosis signatures of gut microbiota and the progression of type 2 diabetes: A machine learning approach in a Mexican cohort. Frontiers in Endrocrinology. 14:1170459 https://doi.org/10.3389/fendo.2023.1170459

Esquivel-Hernandez D.A., Martínez-López Y.E., Sánchez-Castañeda J.P., Neri-Rosario D., Padrón-Manrique C., Girón-Villalobos, D., Mendoza-Ortíz C., Resendis-Antonio O., A network perspective on the ecology of gut microbiota and progression of type 2 diabetes: Linkages to keystone taxa in a Mexican cohort. Frontiers in Endocrinology 14:1128767. https://doi.org/10.3389/fendo.2023.1128767

Martínez-López Y.E., Esquivel-Hernández D.A., Sánchez-Castañeda J.P., Neri-Rosario D., Guardado-Mendoza R., Resendis-Antonio O., Type 2 Diabetes, gut microbiome and systems biology: A novel perspective for a new era​. Gut Microbes 14:1, 2111952 https://doi.org/10.1080/19490976.2022.2111952

Espinosa-Asuar L., Monroy-Guzmán C., Madrigal-Trejo D., Navarro-Miranda M., Sánchez-Pérez J., Buenrostro-Muñoz J., Villar J., Camargo J.F., Kalambokidis M., Esquivel-Hernandez D.A., Jasso M.V., Escalante A.E., Velez P., Figueroa M., Martínez-Cárdenas A., Ramirez-Barahona S., Gasca-Pineda J., Eguiarte L.E., Souza V. Diversity of an uncommon elastic hypersaline microbial mat along a small-scale transect. PeerJ https://doi.org/10.7717/peerj.13579

Garcia-Ulloa M-II, Souza V., Esquivel-Hernandez D.A., Sánchez-Pérez J., Espinosa-Asuar L., Viladomat M., Marroquín-Rodriguez M., Navarro-Miranda M., Ruiz-Padilla J., Monroy-Guzmán C., Madrigal-Trejo D., Rosas-Barrera M., Vázquez M., Eguiarte L. Recent differentiation of aquatic bacterial communities in a hydrological system in the Cuatro Ciénegas Basin, after a natural perturbation. Frontiers in Microbiology. 2022; 13:825167 https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.825167

Esquivel-Hernández D.A., García-Pérez J.S., López-Pacheco I.Y., Iqbal H.M., Parra-Saldívar R. Resource recovery of lignocellulosic biomass waste into lactic acid-Trends to sustain cleaner production. Journal of Environmental Management. 2022 Jan 1; 301:113925. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2021.113925

Esquivel-Hernández D.A., Pennacchio A., Torres-Acosta M.A., Parra-Saldívar R., de Souza Vandenberghe L.P., Faraco V. Multi-product biorefinery from Arthrospira platensis biomass as feedstock for bioethanol and lactic acid production. Scientific reports. 2021 Sep 29;11(1):1-5. https://doi.org/10.1038/s41598-021-97803-5

Galicia-Medina C.M., Vázquez-Piñón M., Alemán-Nava G.S., Gallo-Villanueva R.C., Martínez-Chapa S.O., Madou M.J., Camacho-León S., García-Pérez J.S., Esquivel-Hernández D.A., Parra-Saldívar R., Pérez-González V.H. Rapid Lipid Content Screening in Neochloris oleoabundans Utilizing Carbon-Based Dielectrophoresis. Micromachines. 2021 Sep;12(9):1023. https://doi.org/10.3390/mi12091023

Esquivel-Hernández D.A., García-Perez J.S., Xiaoyin X., Metha S., Xia S., Zhao H., Rittmann B., Ontiveros-Valencia A., Microbial ecology in selenate reducing biofilm communities: rare biosphere and their interactions with abundant phylotypes. Biotechnology and Bioengineering 118(7):2460-2471. https://doi.org/10.1002/bit.27754

García-Pérez J.S., Cuéllar-Bermúdez S.P., de la Cruz-Quiroz R., Arévalo-Gallegos A., Esquivel-Hernandez D.A., Rodríguez-Rodríguez J, García-García R, Iqbal HM, Parra-Saldivar R. Supercritical CO2-based tailor-made valorization of Origanum vulgare L extracts: A green approach to extract high-value compounds with applied perspectives. Journal of environmental management. (2019) 15(232):796-802.  https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2018.11.117

Galicia-Medina C.M., Barrios-Estrada C., Esquivel-Hernández D.A., de Jesús Rostro-Alanís M., Torres J.A., Parra-Saldívar R. Current state of bioethanol fuel blends in Mexico. Biofuels, Bioproducts and Biorefining. (2018) 12(3):338-47. https://doi.org/10.1002/bbb.1842

Esquivel-Hernandez, D.A.; Rodriguez-Rodriguez, J.; Cuellar-Bermudez, S.P.; Garcia-Perez, J.S.; Mancera-Andrade, E.I.; Nuñez-Echevarria, J.E.; Ontiveros-Valencia, A.; Rostro-Alanis, M.; Garcia-Garcia, R.M.; Torres, J.A.; Chen, W.N.; Parra-Saldivar, R. Effect of Supercritical Carbon Dioxide Extraction Parameters on the Biological Activities and Metabolites Present in Extracts from Arthrospira platensis. Marine Drugs (2017), 15, 174. https://doi.org/10.3390/md15060174

Sandate-Flores, L., Rostro-Alanis, M. D. J., Mancera-Andrade, E. I., Esquivel-Hernandez, D. A., Brambila-Paz, C., Parra-Saldivar, R., Welti-Chanes, J., Escobedo-Avellaneda, Z., Rodriguez-Rodriguez, J.  Using high hydrostatic pressures to retain the antioxidant compounds and to reduce the enzymatic activity of a pitaya–pineapple (Stenocereus sp.–Fragaria ananassa) beverage. Journal of Food Science and Technology. (2017) 54(3), 611-619. https://doi.org/10.1007/s13197-016-2482-7

EsquivelHernandez, D. A., Ibarra‐Garza, I. P., Rodriguez‐Rodriguez, J., Cuellar‐Bermudez, S. P., Rostro‐Alanis, M. D. J., Aleman‐Nava, G. S., Parra‐Saldivar, R. Green extraction technologies for high‐value metabolites from algae: a review. Biofuels, Bioproducts and Biorefining. (2017) 11(1) 215-231 https://doi.org/10.1002/bbb.1735

Esquivel-Hernandez, D. A., Rodriguez-Rodriguez, J., Rostro-Alanis, M., Cuellar-Bermudez, S. P., Mancera-Andrade, E. I., Nuñez-Echevarria, J. E. Parra-Saldivar, R. Advancement of green process through microwave-assisted extraction of bioactive metabolites from Arthrospira Platensis and bioactivity evaluation. Bioresource Technology. (2017); 224 618–629 https://doi.org/10.1016/j.biortech.2016.10.061

Esquivel-Hernandez D. A., Lopez VH, Rodriguez-Rodriguez J, Aleman-Nava GS, Cuellar- Bermudez SP, Rostro-Alanis M, Parra-Saldivar R. Supercritical Carbon Dioxide and Microwave-Assisted Extraction of Functional Lipophilic Compounds from Arthrospira platensis. International Journal of Molecular Sciences. (2016); 17(5):658. https://doi.org/10.3390/ijms17050658

Memorias de Congreso

Capítulos en Libros

Reyes-Vázquez, N., Esquivel-Hernández, D.A., Ramírez-Sucre M.O., Morales-Landa, J.L. y Rodríguez-Buenfil, I.M. Análisis integrativo del color y metabolómica dirigida demetabolitos asociados al chile habanero (Capsicum chinense JACQ.) (Capsicum chinense Jacq.). En: Metabolómica y cultivo del chile habanero (Capsicum chinense Jacq) de la península de Yucatán. Rodríguez-Buenfil, I. M., Ramírez-Sucre, M.O. (eds). 2020. ISBN: 978-607-8734-09-2 (257-258)

Libros

Reyes-Vázquez, N., Esquivel-Hernández, D.A., Ramírez-Sucre M.O., Morales-Landa, J.L. y Rodríguez-Buenfil, I.M. Análisis integrativo del color y metabolómica dirigida demetabolitos asociados al chile habanero (Capsicum chinense JACQ.) (Capsicum chinense Jacq.). En: Metabolómica y cultivo del chile habanero (Capsicum chinense Jacq) de la península de Yucatán. Rodríguez-Buenfil, I. M., Ramírez-Sucre, M.O. (eds). 2020. ISBN: 978-607-8734-09-2 (257-258)

Formación de Recursos Humanos

Jurado de Examen de Grado

José Ramón Contreras-Angulo, Diciembre 2016, Maestría en Biotecnología (Sinodal), Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey

Mitsuo José Enrique Nakakawa Montes de Oca, Septiembre 2023, Especialidad en Ciencias Naturales e Ingeniería (Asesor), Universidad Autónoma Metropolitana Cuajimalpa

Adriana Lizeth Casanova-Olguín, Enero 2024, Maestría en Ciencias Naturales e Ingeniería (Sinodal), Universidad Autónoma Metropolitana Cuajimalpa

 

Lector de Proyecto Terminal

Yuliana Rubio-Gonzalez, Septiembre 2022, Licenciatura en Ingeniería Biológica, Universidad Autónoma Metropolitana Cuajimalpa

Ángel Alejandro Martínez-González, Febrero 2024, Licenciatura en Ingeniería Biológica, Universidad Autónoma Metropolitana Cuajimalpa

 

 

Otra Información de Relevancia Académica

Docencia

Cursos impartidos a nivel licenciatura

UAM-C

  • Bioinformática 
  • Ingeniería celular
  • Ingeniería genética y técnicas moleculares
  • Biotecnología de levaduras
  • Química orgánica
  • Seminario de Biotecnología
  • Química

Facultad de Ciencias UNAM

  • Biotecnología 1
  • Biotecnología 2
  • Biología de Procariontes
  • Biología Molecular de la Célula 1

Tecnológico de Monterrey

  • Proyecto de Diseño de Bioingeniería 

CCG-UNAM (LCG)

  • Bioinformática 2

 

Cursos impartidos a nivel posgrado

UAM-C

  • Fisiología microbiana
  • Ecología microbiana
  • Biología molecular genómica
  • Ciencias ómicas

Posgrado en Ciencias Bioquímicas UNAM

  • Introducción a la Biología de Sistemas: Desde la regulación de circuitos genéticos hasta las redes en sistemas complejos

 

Conferencias

Presentaciones Orales

Esquivel-Hernández D.A., "Ecological network perspective on the intestinal microbiota and the progression of type 2 diabetes: keystone taxa in a Mexican cohort" DCNI 23P Divisional Seminar Cycle. Universidad Autonoma Metropolitana Cuajimalpa (October 2023)

Esquivel-Hernández D.A., “Examining Type 2 diabetes, the gut microbiome, and systems biology from a novel perspective”. Seminar of the winner of the Carlos Casas Campillo 2023 award. National Congress of Biotechnology and Bioengineering SMBB Ixtapa-Zihuatanejo, Mexico (September 2023)

Esquivel-Hernández D.A., “Bioinformatics and Systems Biology for the development of biotechnological applications based on microbiomes”. DCNI 22P Divisional Seminar Cycle. Universidad Autónoma Metropolitana Cuajimalpa (September 2022)

Souza V.,* Espinosa-Asuar L., Esquivel-Hernández D.A., Eguiarte L.E., Lost world hyperdiversity: Possible eco evolutionary feedbacks between a life under the mountain and life under the sun. Society for Molecular Biology and Evolution (Febrero 2020)

Arevalo-Gallegos A.M.*, Ortiz-Muñoz S.M., Rodas-Zuluaga L.I., Garcia-Perez J.S., Esquivel-Hernandez D. A., Ontiveros-Valencia A., Parra Saldivar R., Developing microcapsules of phycocyanin from Arthrospira platensis and their properties. AlgalBBB 2017: 7th International Conference on Algal Biomass, Biofuels and Bioproducts. Miami FL USA (junio 18-21, 2017).

Esquivel-Hernández D. A., Cuéllar-Bermúdez S. P.*, Parra-Saldívar R. Evaluación de tecnologías de extracción verde para la obtención de metabolitos de alto valor de la cianobacteria Spirulina platensis. 46 Congreso de Investigación y Desarrollo. Coloquio Doctoral, Tecnológico de Monterrey (enero 20-23 2016)

Esquivel-Hernandez D. A.*, Rodriguez-Rodriguez J., Rostro-Alanis M., Cuellar-Bermudez S. P., Falcón-Valdés Z., Parra-Saldivar R., Characterization of high value metabolites in supercritical carbon dioxide extracts from Spirulina platensis cyanobacteria.  ISSF 2015: 11th International Symposium on Supercritical Fluids. Global Education Center for Engineers (GECE) Seoul National University Gwanak-Gu, Seoul, South Korea (Lecture, L-326), (octubre 12-15, 2015).

 

Presentaciones de Póster

Hernandez Gonzalez D., Sigala Alanis J.C. Esquivel Hernández D.A “Bioinformatic study of Acinetobacter baylyi ADP1 dehydrogenases involved in the biotransformation of furans.” V Symposium of Undergraduate and Postgraduate Degrees of the DCNI UAM Cuajimalpa. (November 28, 2023).

Reyes Rivera D.S., Esquivel Hernández D.A “Transforming biotechnology with data science: innovation in bioprocesses and applications through massive data analysis.” V Symposium of Undergraduate and Postgraduate Degrees of the DCNI UAM Cuajimalpa. (November 28, 2023).

Esquivel Hernández D.A, García Pérez J.S., Xiaoyin X., Sanya M., Maldonado J., Siqing X., He-Ping Z., Rittmann B.E., Ontiveros Valencia A. Microbial ecology of a selenate-reducing biofilm bioreactor: Role of the rare biosphere and its interactions with abundant phylotypes. First Meeting of Heavy Metals in Biology and Health. UAM Xochimilco (May 26, 2023).

Giron-Villalobos D., Esquivel-Hernandez D.A., Padron-Manrique C., Resendis-Antonio O. Computational modeling of the gut microbiota metabolism in COVID-19 patients. MIT Microbiome Symposium (29 abril 2022)

Falcon-Valdes Z.*, Esquivel-Hernández D. A., Cuellar-Bermudez, S.P., Garcia-Perez, J.S., Arevalo-Gallegos, A. M., Rodríguez-Rodríguez, J., Parra-Saldivar R., Supercritical Fluid Extraction of Fatty Acids from Heterotheca inuloides and Arthrospira platensis. IAFP's 5th Latin America Symposium on Food Safety Convention’s Center Cancun Mexico (9-15 noviembre 2016)                                                    

Mancera-Andrade, E. I.*, Sánchez-Cornejo, R. A., Garza-Guajardo, I. A., Esquivel-Hernandez D. A., Aleman-Nava, G. S., Arteaga-Garces A. J., Cuellar-Bermudez S. P., Parra-Saldivar R., Encapsulation of Microalgae and Cyanobacteria to Fortify a Novel Functional Yogurt. IAFP's 5th Latin America Symposium on Food Safety Convention’s Center Cancun Mexico (9-15 noviembre 2016)                                                        

Entrevista en Voces Metropolitanas